根据测量从物料反射或透射的红外辐射的情况，红外水分仪分为反射式红外水分仪和透射式红外水分仪。反射式仪器常采用双波段或更多波段的测量方法，这样，光源的不稳定性、大气的吸收以及放大器增益的变化等影响测量精度的因素都可以消除，而且仪器的校准基本上不依赖于物料的压实密度。
而透射式红外水分仪不仅其测量结果要受到测量区域物料数量及压实密度的影响，而且要求在所用的红外波段上有一定的透过串。反射式红外水分仪适用于固体和粉末材料的测量，工业生产中大都使用这种仪器，而透射式红外水分仪则适于测量气体或液(流)体的含水量。
根据选用的测量和参考波段数的不同分类，红外水分仪又可分为双波段水分仪和三波段水分仅，或称为双色水分仪、三色红外水分仪。
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